在辐射避难所这个游戏中，目前只有三个类型的灾难，第一个是强盗入侵，当你有一座工厂时，就会招来贪财的那些强盗，他们会趁着黑夜入侵进工厂，把所有贵重物品都席卷一空。想要解决强盗，那么就在工厂旁边建造六个房间，安排六个带武器的工人住进去。工人的武器最好都在七级以上，只要有动静，六个工人齐刷刷的出去拿武器攻击那些强盗。
火灾是游戏里最常出来的灾难，它经常会出现在加班时的建筑大楼里，并且火灾会随机出现在一个办公室内，如果大楼里的人不多的话，那火灾肯定会蔓延全部大楼。但要是建筑大楼里人满为患，每个办公室里都有人的话，就不用害怕火灾了，火灾一出来就能迅速扑灭。蟑螂入侵是许多玩家们最害怕的一个灾难，只要蟑螂出现它就能遍布房间里的各个角落，吓得玩家们尖叫和到处乱跑。这个灾难会出现在正在抱怨加班的房间里，只要有人大声诉说加班很难加班离开这种话，蟑螂就会悄无声息的出现在房间里的角落里。当一只蟑螂映入眼帘时，其他没有看到的地方早就蟑螂成群了。所有的灾难都不会破坏建筑，但建筑里的玩家们就会遭受伤害，要是建筑里没有玩家出现的话，会顺着隔间慢慢来到其他地方，直到检测到有玩家的地方才会停下来。灾难针对所有玩家，但只有成年的玩家才能做出解决的办法，小孩和怀孕的母亲只能四处逃散，躲避灾难，不能像成年玩家那样直接解决灾难。所以一个建筑房间里最好不要有太多小孩和怀孕的母亲，这样等灾难降临时，逃跑很困难。如果其中一个玩家不幸死在灾难里的话，那么尸体就会凭空消失，但尸体的味道是经久不衰的，后面继续在这栋建筑里工作的玩家会因为尸体的味道导致神经衰弱，心情降低。尸体是能够复活的，但想要复活的话则需要许多瓶盖，只有瓶盖才是复活尸体的唯一途径。所有灾难的强度都是和所在建筑的房间有联系，当你房间范围大的话，那么灾难出现时就会很多，要是房间很小的话，灾难出现就会很少。在游戏初始时期，很多玩家觉得不需要武器就能对付蟑螂，但其实不然，即使是在小房间，蟑螂的危险还是不容小看的。
后期还是会有很多玩家会被蟑螂咬死，这样就会导致队伍里的人逐渐变少。有些怀孕的母亲会因为肚子卡在窄小的缝隙里，在没有调时间的前提下，可通过延长加班时间引发火灾和蟑螂灾难，在恐吓的情况下，怀孕的母亲就会使出全身力气从缝隙里挤出来，然后把她们安排在其他安全的房间里。这个游戏其实是能调时间的，往后调可加快灾难的时间，往前调则可以减缓灾难的出现，不过一旦调了时间就会出现各种各样无法预料到的其他问题。
