魔力世纪里面可玩的副本很多，部分副本只能单人通过。有些副本难度比较大，玩家要是想省力一些可以自行选择相对比较简单的副本进入。要注意的是简单的副本产出的道具自然也比较普通，如果想要获得更珍稀的道具就需要去难度更高的副本之中挑战，觉得自己一个人过很困难的话可以找上朋友和玩家一起过。
副本的怪都有一个共同点，那就是刚开始的关卡非常简单，随着玩家打通的关卡越来越多，怪的难度会越来越难，这时候就需要玩家和朋友一起寻找过关的办法了。比较值得挑战的副本之一是拉菲平原，副本里面的怪很好打，对于玩家来说一刀杀一个怪不是问题，碰到首领时最好先击杀门徒，首领被击杀后直接放群攻技能清场就行了。击败怪物后能够拿到不少珍贵的装备，还可以积累经验升级，等级到位后就能去禁魔空间这个副本了。
禁魔本里面的怪需要玩家组队去挑战，玩家想要找到该副本的入口可以去峡谷找，过关时一定要带好有狂暴的宠物。玩家角色职业以法为主，保留一位战士就行了，加法术防御的装是必备的。进入战斗后先单杀掉敌方其中一个单位，再使用单体输出打败精英怪，碰到首领时直接集火首领即可。通关后也可以拿到不少奖励，玩家可以先打这几个副本收集道具，其他副本就看自己需求去挑战了。
